بیمارستان فارابی در بهمن ماه سال 1356 تحت عنوان بیمارستان نهم آبان و با بخش‌های روانپزشکی زنان و مردان فعالیت خود را آغاز نمود. پس از انقلاب شکوهمند اسلامی، نام بیمارستان از نهم آبان به فارابی تغییر یافت؛ سپس در سال 1358 بخش‌های سل، ارولوژی، ارتوپدی و فک و صورت در یک دوران کوتاه به این مجموعه افزوده شده و همزمان با آغاز جنگ تحمیلی، قسمتی به نام بخش شهید رجایی جهت خدمت‌رسانی به مجروحان جنگی راه‌اندازی گردید. در سال 1370 بخش‌های چشم پزشکی همراه با چهار اتاق عمل و درمانگاه تخصصی افتتاح شده و در سال 1386 اورژانس بیمارستان با همت خیرین محترم احداث گردیده و شروع به فعالیت نمود. از سال 1393 پس یک دوره رکود در بخش‌های چشم پزشکی و جنرال و همزمان با شروع طرح تحول سلامت، اکثر بخش‌های بیمارستان بازسازی شد و در سال 1394 این بیمارستان با هدف تبدیل شدن به یک بیمارستان مرجع با تغییر مأموریت به مجتمع تخصصی و فوق تخصصی فارابی تغییر نام داد. هم اکنون مجموعه چشم پزشکی این مجتمع با استفاده از پزشکان متخصص و فوق متخصص در کلیه رشته‌ها همچنین فضاهای مناسب نظیر درمانگاه تخصصی، دی کلینیک، اتاق عمل و با استفاده از تجهیزات پیشرفته و انجام تمامی جراحی‌های تخصصی چشم به عنوان قطب دوم چشم پزشکی استان در کنار بیمارستان فیض در حال خدمت‌رسانی به مردم استان می‌باشد. در حال حاضر این مجتمع 6 بخش روانپزشکی زنان و مردان، بخش‌های داخلی، جراحی، بخش‌های LDR و زنان و نوزادان، دی‌کلینیک، ICU، دیالیز، اورژانس روانپزشکی مردان و زنان، اورژانس رفع آلودگی و اورژانس جنرال می‌باشد. واحدهای پاراکلینیک شامل آزمایشگاه، بانک خون، رادیولوژی، سونوگرافی، سی‌تی اسکن، پت سی‌تی اسکن، فیزیوتراپی، ارتوپدی فنی، داروخانه و خدمات چشم‌پزشکی همچون OCT، یگ لیزر، PRP لیزر، بیومتری و پریمتری، قرنیه، شبکیه و استرابیسم، اپتومتری، کراتومتری و ... می‌باشد. از دیگر سو، در مجموعه تخصصی کلینیک غدیر شامل مرکز جامع سنجش سلامت، کلینیک‌های ارتقای سلامت (تغذیه، دیابت و پیگیری پس از ترخیص)، روانپزشکی، کلینیک ارزیابی قبل از عمل جراحی، داخلی، چشم، زنان، اطفال، ارتوپدی، جراحی عمومی، مامایی، داخلی مغز و اعصاب، جراحی مغز و اعصاب، عفونی، قلب، غدد و متابولیسم و دندان‌پزشکی پذیرای مراجعین بوده و با توجه به نقشه راه سلامت استان در سال‌های آتی، بخش اطفال، NICU، مرکز تشخیص و غربالگری سرطان و به این مجموعه اضافه خواهد شد. ضمناً طرح جامع توسعه 850 تخت خوابی بیمارستان با توجه به مصوبه هیأت رئیسه دانشگاه درحال تدوین می باشد و با سرمایه‌گذاری بخش خصوصی مرکز تیپ 3 درمان سرطان در این مجتمع احداث خواهد گردید.